2008년 이명박 정부 출범과 더불어 새로운 과학기술 행정 체제가 구축되었으며, 출연(연)의 지배구조도 변화했다.
이 시기의 출연(연) 육성을 위한 연구회 체제에 관한 정책은 연구회 자체보다는 과학과 기술의 분리라는 정부의 정책기조하에서 출연(연)의 역할에 관심이 있었던 것으로 보인다. 정부조직 개편에 부수해 연구회체제도 함께 변화되었다. 공공기술연구회가 해체되고 기초기술연구회와 산업기술연구회로 편입되면서 각각 교육과학기술부와 지식경제부 산하로 이관되었다.다시 2013년도 박근혜 정부 출범과 함께 정부 조직이 개편되면서 과학기술 기능 및 국가과학기술위원회의 기능과 정보통신 기능이 흡수된 미래창조과학부가 설치되어 연구회도 미래창조과학부 산하로 편입되었으며, 이후 2014년도에는 기초 및 산업기술 2개 연구회에서 통합된 단일 연구회로 국가과학기술연구회가 출범했다.

2014년 7월 16일 열린 국가과학기술연구회 출범식

출연(연) 경쟁력 제고를 위한 정책 추진

이원화된 정부 관리 체계에서 2009년 설립 10주년을 맞은 기초기술·산업기술 2개 연구회는 본격적인 성과 창출을 위해 각 연구회 성격에 맞는 기관 임무 재조정과 미래 발전 방향을 추진했다.
당시 상황을 진단한 내용으로는 먼저, 1990년대 이후 출연(연)의 임무에 대한 재정립이 요구되고 출연(연)의 임무 지향적 연구 수행이 필요하다는 평가가 있었다. 또한 출연(연) 간 협력이나 대학교·기업과의 협동 연구가 부족하며 국제화 수준도 낮다는 평가였다. 그리고 기관장의 자율과 책임경영체제, 객관적인 연구원 개인평가제도 및 체계적인 인력 활용과 유연성이 요구되었다.
이러한 분석 아래 추진된 ‘출연(연) 운영 효율화 추진방안’(교육과학기술부·지식경제부, 2009년 7월)은 출연(연)을 ‘국가의 미래를 선도하는 세계 일류 연구기관으로 육성’하겠다는 정책목표로 네 가지 정책 방향을 제시했다.
첫째, ‘임무 지향적 연구 수행 강화’이다. 출연(연)의 임무 분석을 통해 유사 기능이나 과제를 통합·조정하고 임무 지향적 연구를 수행할 수 있도록 지원했다. 둘째, ‘개방형 연구 체체 구축’이다. 출연(연)·대학 교·기업과의 협력을 강화하기 위해 학·연 공동연구센터를 설치했으며, 융복합 분야 중심의 공동 과제 발굴을 지원했다. 또한 세계적 연구센터를 설치하고, 해외 우수 연구인력을 유치해 글로벌 경쟁력을 확보하고자 했다. 셋째, ‘엄격한 평가제도 시행’이다. 기관장의 기관운영에 대한 자율성과 책임성을 제고하고, 엄격한 연구원 개인평가 제도를 통해 내부 경쟁과 책임성을 강화했다. 넷째, ‘효율적 인력 및 기관운영체제 구축’이다. 연구인력의 효율적 관리를 위해 매년 연도별 인력 수급 계획을 수립하고, 연구원의 불필요한 행정 부담 경감을 위한 제도 개선을 추진했다.
이러한 정부 정책 추진 상황 속에서 2개 연구회는 출연 (연) 등 현장 의견을 청취하고 이를 이행하는 세부 실행 과제를 만들어 주도적으로 추진해 소관 출연(연) 경쟁력 제고를 통한 성과 창출 극대화에 매진했다.

과학기술정책 및 행정 체계 변화(1999~2008년)

통합 연구회인 국가과학기술연구회의 출범은 ‘관리 중심형’에서 ‘지원 중심형’ 기관으로의 개편, 25개 출연(연)의 소통과 협력 기반 조성을 의미한다.

2015년 4월 열린 제1회 융합과 협력을 위한 국책연구기관 기관장회의

지원 중심형의 ‘국가과학기술연구회’로 통합

2013년 감독관청이 일원화되면서 출연(연)의 역할과 경쟁력 강화 등에 대한 논의도 활발해졌다. 이에 출연(연) 연구자들이 자발적으로 모여 과학기술 분야 출연(연) 발전전략 TF를 구성하고, 그해 6월까지 다양한 논의를 진행했다. 그 활동의 결과로 도출된 ‘창조경제 실현을 위한 출연(연) 발전전략 보고서’를 바탕으로 2개 연구회를 통합하는 내용의 「과학기술 분야 정부 출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 개정안이 발의(민병주 의원 대표발의, 2013년 7월 19일)되었다.정부에서도 2013년 7월 30일 미래창조과학부 주도하에 새 정부의 출연(연) 지원·육성 정책인 「출연(연)의 개방형 협력 생태계 조성 방안」을 국무회의에 보고했다. 이 방안에는 출연(연)이 창조경제의 견인차 역할을 수행하기 위해서는 우선 정부와 출연(연) 사이의 역할이재정립되어야 하며, 출연(연) 간 상호 협력 활성화,중소기업 지원 확대, 자율과 책임의 연구 환경 조성 등의 과제를 공동으로 실천할 필요가 있다는 내용이 들어 있었다. 또 연구회의 기능을 예산심의, 평가 등 ‘관리형’에서 출연(연) 간 협력·소통 확대, 정책·기획 등의 ‘지원형’ 중심으로 전환해야 한다는 내용도 제시됐다. 연구회의 출연(연) 지원·육성 기능 강화와 출연(연) 간 협력 지원, 출연(연)의 자율과 책임을 높일 수 있는지원형 조직으로의 변화 요구에 따라 국가과학기술연구회로 단일화되었다.
통합 연구회인 국가과학기술연구회의 출범은 다음과 같은 의미를 갖는다. 첫째, ‘관리 중심형’에서 ‘지원 중심형’ 기관으로의 개편을 담고 있다. 2개 연구회 체제로 인해 중복되었던 관리 기능 임무를 통합·축소해 효율적 지원 체계를 확보하고 출연(연) 융복합 연구 지원을 위한 융합 연구본부, 정책 및 연구 기획 전문성 강화를 위한 정책지원본부 등을 신설해 지원형 조직을 구축했다. 둘째, 25개 출연(연)의 소통과 협력 기반을 조성하기 위함이다. 출연(연)의 연구역량을 결집하고, 협력 분야 발굴 및 전략적 융복합 연구 수행을 위한 개방형 협력 생태계를 조성하며 출연(연)의 공통 애로 사항 등을 해결할 수 있는 과학기술계 단일 창구를 확보하고자 했다. 셋째, 과학기술 혁신 기반을 마련하고자 함이다. 출연(연) 연구성과 사업화 기반 조성 및 IP 경영 전략 지원 등 성과 활용 및 확산 체계를 구축하고 기술혁신 지원을 통한 ‘출연(연)의 중소·중견 기업 지원 R&D 전진기지화’를 추진했다.

새로운 도약을 위한 세종 시대 개막

2014년 6월 30일 국가과학기술연구회가 출범한 이후 약 3개월간은 행정 통합 작업으로 숨가쁘게 흘러갔다. 그렇게 통합 작업이 마무리될 즈음, 세종청사로 이전 시기가 다가왔다. 연구회는 9월부터 연구회 지방 이전 TFT 및 서포터스를 구성·가동하고, 정부 이전계획의 변경 승인 추진을 필두로 소요예산 확보 등 이전을 위한 단계를 밟아나갔다.
2014년 12월 21일, 마침내 연구회는 1999년 최초 설립 이래 15년간 머물렀던 서울시 서초구 외교센터 시대를 마무리하고, 세종시 반곡동 소재 세종국책연구단지 연구지원동으로 이전을 완료했다.
연구회는 2014년 12월 22일 새로 입주한 청사에서 ‘현판 제막식 및 기념식’을 열었다. 이 자리에서 이상천 이사장은 “세종시 이전으로 25개 소관 출연(연) 중 16개가 모여 있는 대덕연구단지와 가까이 있게 된 만큼 연구 현장의 목소리를 보다 신속하게 반영할 수 있도록 노력하겠다”며 “세종국책연구단지의 입지적 장점을 최대한 살려 과학기술과 인문사회과학이 융합하는 새로운 모델을 만들어나갈 것”이라고 포부를 밝혔다. 국가의 핵심 싱크탱크인 국책연구기관과 정부부처가 함께 시너지를 낼 수 있는 세종국책연구단지가 준공되면서 융합의 새로운 시대를 열어갈 국가과학기술연구회의 세종 시대도 본격화됐다.